Saking beragamnya jenis mahkluk hidup yang ada dipermukaan bumi dan di dalam lautan mendorong para biolog untuk menemukan sebuah cara yang memungkinkan dan memudahkan manusia dalam memanfaatkan, membudidayakan serta melestarikan beranekaragam jenis mahkluk hidup tersebut.
Atas dasar tersebut, maka lahirlah istilah " klasifikasi ". Klasifikasi berarti  penyusunan bersistem dalam kelompok atau golongan menurut kaidah atau standar yang ditetapkan. Mengklasifikasi berarti menggolong-golongkan menurut jenis; menyusun ke dalam golongan. 
Klasifikasi mahkluk hidup berarti sebuah usaha mengelompokkan mahkluk hidup ke dalam kelompok atau golongan ( takson ) berdasarkan persamaan dan perbedaan ciri tertentu.
Sedangkan klasifikasi mahkluk hidup bertujuan untuk menyederhanakan obyek biologi  guna mempermudah pengenalan, pemanfaatan, pengembangan serta pelestarian mahkluk hidup.
Dalam sejarah perkembangan biologi, kita mengenal berbagai macam sistem klasifikasi mahkluk hidup. Beberapa macam sistem klasifikasi mahkluk hidup yang pernah dan telah dikenal manusia, antara lain :
1. Klasifikasi Sistem Atifisial 
Klasifikasi sistem artifisial juga disebut klasifikasi sistem Buatan. Sistem ini disusun dengan menggunakan                    dasar ciri-ciri atau sifat-sifat yang sesuai dengan yang dikehendaki manusia,                    atau sifat lainnya. Misalnya klasifikasi tumbuhan dapat  menggunakan                   dasar habitat (tempat hidup), habitus atau  berdasarkan perawakan                   (berupa pohon, perdu, semak,  ternak dan memanjat).            
Sistem Artifisial merupakan ide dari  Aristoteles yang membagi makhluk                   hidup  menjadi dua kelompok, yaitu tumbuhan ( Plantae ) dan hewan                    ( Animalia ). Aristoteles juga  mengelompokkan  tumbuhan menjadi kelompok pohon, perdu,                    semak, terna serta memanjat ( liana ). 
Selain Aristoteles, ilmuwan lain yang mengembangkan sistem ini adalah Carolus Linnaeus yang mengelompokkan mahkluk hidup berdasarkan alat reproduksinya .Misalnya, dalam dunia tumbuhan kita mengenal ada kelompok tumbuhan berumah satu, tumbuhan berumah dua. 
 
2. Sistem Alamiah
Tokoh ilmuwan yang memelopori klasifikasi sistem alami adalah  Michael Adams  dan Jean                   Baptiste de Lamarck.             
Klasifikasi                   sistem alami  menggunakan dasar persamaan dan perbedaan morfologi                    ( bentuk luar tubuh ) secara alami atau wajar apa adanya yang tersedia di alam. 
Contoh :
- pada dunia hewan kita kenal ada kelompok hewan berkaki                    dua, berkaki empat, tidak berkaki, hewan bersayap, hewan  bersirip,                   hewan berbulu, bersisik, berambut dan  lain-lain. 
- pada                   tumbuhan, ada kelompok  tumbuhan berkeping biji satu, berkeping                   biji dua. 
3. Klasifikasi Sistem Filogenetik
Ilmuwan yang dianggap sebagai penggagas Klasifikasi sistem filogenetik adalah Charles                   R. Darwin pada tahun 1859 yang menyatakan :  terdapat hubungan antara                   klasifikasi  dengan evolusi.            
                   Sistem filogenetik  disususn berdasarkan jauh dekatnya kekerabatan                   antara  takson yang satu dengan yang lainnya. Selain mencerminkan                    persamaan dan perbedaan sifat morfologi dan anatomi maupun  fisiologinya,                   sistem ini pun menjelaskan mengapa  makhluk hidup semuanya memiliki                   kesamaan molekul dan  bio kimia, tetapi berbeda-beda dalam bentuk                   susunan  dan fungsinya pada setiap makhluk hidup. 
Klasifikasi sistem filogenetik disusun berdasarkan                    persamaan fenotip yang mengacu pada sifat-sifat bentuk luar, faal,                    tingkah laku yang dapat diamati, dan pewarisan keturunan  yang                   mengacu pada hubungan evolusioner sejak jenis  nenek moyang hingga                   cabang-cabang keturunannya. 
Contoh : 
Manusia dalam klasifikasi dikelompokkan dalam satu ordo ( Primata ) bersama-sama dengan kera, simpanse. Dikelompokkan ke dalam satu kelas yang sama ( kelas Mammalia ) bersama-sama dengan sapi, kembing, kera, kerbau dll. 
Selain ketiga sistem klasifikasi yang telah diuraikan di atas, ada cara / sistem pengklasifikasian mahkluk hidup yang lain. Misalnya :
- Klasifikasi Sistem dua Kingdom, yang mengklasifikasi mahkluk hidup menjadi dua kingdom yakni : kingdom Plantae dan kingdom Animalia atas dasar kemampuan nutrisi ( mensintesis makanan ).
- Klasifikasi Sistem 3 Kingdom, yang mengklasifikasi mahkluk hidup menjadi 3 kingdom yakni : kingdom Plantae, kingdom Animalia dan kingdom Fungi
- Klasifikasi Sistem 4 Kingdom, yang mengklasifikasi mahkluk hidup kedalam empat kingdom, yakni : kingdom Plantae, kingdom Animalia, kingdom Fungi dan kingdom Monera.
- Klasifikasi Sistem 5 Kingdom, yang mengelompokkan mahkluk hidup kedalam lima kingdom, yakni : kingdom Plantae, kingdom Animalia, kingdom Fungi , kingdom Monera dan kingdom Protista.
- Klasifikasi Sistem 6 Kingdom, yang mengelompokkan mahkluk hidup kedalam enam kingdom, yakni : kingdom Plantae, kingdom Animalia, kingdom Fungi ,  kingdom Protista, kingdom Eubacteria, dan kingdom Archaeobacteria.
Dalam perkembangan selanjutnya, bukan tidak mungkin akan muncul sistem-sistem klasifikasi yang lainnya mengikuti perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi.