Monera merupakan kelompok organisme yang mikroskopik , uniseluller dan prokariotik. Berdasarkan analisis molekuler, saat ini monera terbagi menjadi dua kingdom ( kerajaan ) yaitu Archaeobacteria ( Archae ) dan Eubacteria
1. Archaeobacteria
Archaeobacteria merupakan suatu kelompok mikroorganisme yang dinding selnya tidak mengandung Peptidoglikan, ribosommnya menyerupai ribosom sel eukariotik yaitu mengandung beberapa jenis RNA polymerase,membrane plasmanya mengandung lipid dengan ikatan eter.
Berdasarkan tempat hidupnya, Archae dikelompokkan menjadi 3 yaitu: Methanogen, Halofil ekstrem, dan thermoasidofil.
Methanogen merupakan Archae anaerob dan heterotrof yang dapat menghasilkan methane
( CH4), hidup di Lumpur, rawa dan saluran pencernaan sapi , manusia, rayap dan hewan lain. ( contoh: Lachnospira multiparus , Succinomonas amylolytica, Ruminococcus albus.)
Halofil ekstrem sebagian besar merupakan Archae aerob dan heterotrof, walaupun beberapa di antara mereka ada yang bersifat anaerob fotosintetik dengan pigmen berupa bakteriorhodopsin. Hidup di lingkungan dengan konsentrasi garam yang tinggi.
Thermoasidofil merupakan Archae kemoautotrof yang menggunakan H2S sebagai sumber energi. Hidup di lingkungan bersuhu tinggi ( 60-80o C ) dan asam ( pH 2-4 ), serta ditemukan dalam sumber air panas, seperti Sulfolobus.
2. Eubacteria ( Bacteria )
Kelompok bacteria mempunyai beberapa cirri antara lain : dinding sel mengandung peptidoglikan, ribosomnya mengandung satu jenis RNA polymerase, membrane plasmanya mengandung lipid dengan ikatan ester.
Anggota bacteria dikelompokkan menjadi beberapa kelompok berdasarkan beberapa hal, antara lain :
 |
| struktur sebuah bacteri |
- Berdasarkan cara memetabolisme sumber-sumber makanan ( cara mendapatkan makanan ), dikelompokkan menjadi bacteri Autotrof yang mampu mensintesis makanannya sendiri ( fotoautotrof dan kemo autotrof ) dan bacteri heterotrof yang memanfaatkan bahan-bahan organic sbg sumber makanannya.
- Berdasarkan kemampuan bertahan dalam keadaan ada atau tidaknya Oksigen, dibedakan menjadi bacteri Obligat aerob yang bisa hidup jika ada oksigen, bacteri obligat anaerob yang dapat hidup tanpa adanya oksigen dan bacteria fakultatif anaerob yang hidupnya tidak tergantung pada ada tidaknya oksigen.
- Berdasarkan motilitas atau cara gerak, menjadi : bacteria atrik yang tidak memiliki flagel ,bacteria monotrik yang mempunyai satu flagel pada salah satu ujungnya, bacteri lofotrik yang memiliki lebih dari satu flagel pada salah satu ujungnya, bacteri amfitrik yang memiliki lebih dari satu flagel pada kedua ujungnya dan bacteri peritrik yang berflagel pada seluruh tubuhnya.
- Berdasarkan bentuknya, terbagi menjadi bacteri bacillus yang berbentuk batang ( monobasil berbentuk batang tunggal , diplobasil berbentuk koloni dua-dua, streptobasil yang berbentuk batang berkoloni membentuk rantai ), bacteri coccus yang berbentuk bola ( ada yang monococcus, diplococcus, tetracoccus, streptococcus, staphylococcus dan sarkina ) , bacteri spirillum yang berbentuk spiral / pegas atau koma.
- Berdasarkan tehnik pengecatan, dibedakan menjadi bacteri gram positif ( dinding sel peptidoglikan tebal, berwarna ungu ) dan bacteri gram negative ( dinding sel peptidoglikan tipis dan tertutup oleh sebuah lapisan lipopolisakarida , berwarna merah ).
