Dataran tinggi melingkupi nyaris 3/4 luas Jepang, yang memberikan pemandangan yang indah di setiap sisinya. Daerah yang terkenal adalah Gunung Fuji, sebuah gunung api yang letaknya di Pulau Honshu. Bagi penduduk Jepang, gunung ini dianggap sebagai hal yang keramat. Oleh sebab itulah, banyak lukisan-lukisan Jepang yang menampilkan Fujinoyama sebagai obyek utama.
Sering terdengar kabar bahwa gempa bumi adalah hal yang sering terjadi di Jepang. Memang benar, hal itu dapat dipahami bahwa negara Jepang sendiri letaknya di kawasan cicin api (ring of fire) yang terdiri dari ratusan gunung api bawah laut yang masih aktif. Para ahli menyimpulkan bahwa Jepang adalah salah satu ‘rumah’ untuk 10 gunung berapi aktif yang ada di dunia. Tak heran jika sewaktu-waktu gunung-gunung itu aktif dan menyebabkan gempa bumi ringan. Namun, gempa bumi yang merusak dan disertai dengan gelombang laut besar (tsunami) dapat terjadi sewaktu-waktu seperti tahun 2011 lalu yang memporak-porandakan pesisir pantai Wilayah Tōhoku dan mengakibatkan pada bocornya PLTN di Prefektur Fukushima.
Jepang mempunyai lebih dari 3000 pulau yang letaknya di pesisir lautan pasifik di timur benua asia. istilah kepulauan jepang merujuk kepada empat pulau besar, dari utara ke selatan. Hokaido, Honshu, Shikoku, serta kepulauan Ryukyu yang berada di selatan Kyushu. Sekitar 70 % hingga 80% dari wilayah jepang terdiri atas pegunungan yang berhutan-hutan, dan cocok untuk pertanian, indusri, serta pemukiman. Daerah yang curam berbahaya untuk dihuni sebab resiko tanah longsor akibat gempa bumi, kondisi tanah yang lunak, dan hujan lebat. Oleh sebab itu, permukiman penduduk terpusat di kawasan pesisir. Jepang termasuk salah satu negara berpenduduk terpadat di dunia.
Gempa bumi berkekuatan rendah dan sesekali letusan gunung berapi sering dialami jepang sebab letaknya diatas Lingkaran “Api Pasifik” di pertemuan tiga lempeng tektonik. gempa bumi yang merusak sering menyebankan Tsunami. Setiap abad nya, di jepang terjadi beberapa kali tsunami. Gempa Bumi besar yang terjadi akhir-akhir ini di Jepang adalah Gempa bumi Chuetsu 2004 dan gempa bumi besar Hanshin pada tahun 1995. keadaan geografi menyebabkan jepang mempunyai banyak sumber mata air panas, dan sebagian besar di antaranya sudah dibangun sebagai daerah tujuan wisata.
Jepang berada dikawasn beriklim sedang dengan pembagian empat musim yang jelas. Walau demikian, terdapat perbedaan iklim yang mencolok antara wilayah bagian utara dan bagian selatan. Pada musim dingin, Jepang bagian utara seperti Hokkaido mengalami musim salju, nemun sebaliknya wilayah jepang bagian selatan beriklim subtropis. Iklim juga dipengaruhi tiupan angin musim yang bertiup dari benua Asia ke Lautan Pasifik pada musim dingin, dan sebaliknya pada musim panas.