Secara umum penyebaran terumbu karang di Indonesia sebagai berikut, sebaran karang dipantai barat Sumatera dan Jawa bagian selatan dipengaruhi oleh arus dari lautan Hindia. Keanekaragaman terumbu karang didaerah ini relatif rendah dikarenakan adanya Up welling berupa air naik yang membawa air dingin dari dasar samudera. Pantai yang banyak lumpurnya seperti pantai utara Jawa tidak memiliki keanekaragaman terumbu karang tinggi bila dibanding daerah lain. Sebaran terumbu karang sepanjang pantai timur Sumatera, Kalimantan Barat, Kalimantan Selatan dan Jawa bagian utara dipengaruhi oleh sedimentasi tinggi yang dibawa oleh adanya aliran air sungai. Pertumbuhan terumbu karang di Indonesia biasanya terdapat dipulau-pulau kecil, yang terpisah dari pulau utama semakin baik pula pertumbuhannya. Penyebaran terumbu karang paling baik di daerah Sulawesi, Maluku, Nusa Tenggara Timur, Nusa Tenggara Barat, dan Bali. Didaerah ini muara sungai relatif sedikit, struktur pantai dan substrat dasar yang keras serta pola arus terus menerus mengalir.
Pemanpaatan terumbu karang secara lestari didasari pada landasan hukum yang berbentuk peraturan perundang-undangan. Undang-undang dasar 1945 pasal 33 ayat 3, undang-undang nomor 9 tahun 1985, undang-undang nomor 5 tahun 1990 mengenai konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya, undang- undang nomor 5 tahun 1994 mengenai United Nation Conservation on Biological Diversity , undang-undang nomor 23 tahun 1997 mengenai pengelolaan lingkungan hidup mengenai pengelolaan, Peraturan Pemerintah Nomor 13 tahun 1994 mengenai pemburuan satwa.Kelestarian terumbu karang di Indonesia dibawah pengawasan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Dirjen Perlindungan hutan dan Pelestarian Alam (PHPA), World Wide Fund for Nature (WWF) Indonesia, dengan ketentuan;
- Lokasi pengambilan terumbu karang terletak diluar dikawasan konservasi, usulan kawasan konservasi, dan kawasan tujuan wisata.
- Terumbu karang yang dimanfaatkan boleh diambil dengan ukuran yang sudah ditentukan sesuai dengan laju pertumbuhan dan ukuran maksimal masing-masing kelompok terumbu karang itu.
- Pengambilan dilakukan dengan sistem rotasi dalam periode tertentu.
- Pengambilan terumbu karang dilakukan tidak melebihi daya regenerasi kelompok terumbu karang yang sudah ditentukan dan terdapat dilokasi.
- Pengambilan terumbu karang dapat dilakukan setelah adanya penilaian.
- Pengawasan, pemantauan, dan penerbitan perizinan pengambilan terumbu karang wajib dilakukan.
- Pemantauan di lapangan perlu dilakukan dilokasi pengambilan dalam waktu 1 tahun sekali untuk mendukung informasi dalam penentuan kuota dan 4 tahun sekali untuk penilaian zonasi.
- Pemantauan secara rutin oleh PHPA dan LIPI dilakukan ditempat pengekspor untuk kawasan komoditas yang siap dikirim.
Perkembangan kondisi dan potensi terumbu karang dipantau secara periode waktu tertentu oleh instansi yang berwenang dari LIPI. Pemantau sangat penting dilakukan untuk mengetahui ketersedian terumbu karang dan jenis terumbu karang serta persen tutupan terumbu karang. Adapun metode yang paling sederhana untuk memantau perkembangan terumbu karang adalah metode wawancara kepada masyarakat dan pemerintahan yang dilengkapi dengan data kuisioner. Dengan objek wawancara adalah nelayan yang dianggap paling mengetahui perkembangan perolehan terumbu karang baik jenis atau jumlahnya dari waktu ke waktu di tempat yang sama.