Secara ringkas, ada beberapa hal yang menjadi tujuan transmigrasi di Indonesia, yaitu :
- Membuka daerah yang kurang penduduknya, sekaligus meningkatkan potensi ekonomi daerah itu;
- Meningkatkan hasil produksi pertanian dengan cara memperluas lahan pertanian di daerah tujuan transmigrasi;
- Meningkatkan persatuan dan kesatuan bangsa Secara sosial budaya
- Menjadikan persebaran penduduk lebih merata.
- Memperkuat pertahanan dan keamanan nasional.
- Meningkatkan taraf hidup rakyat peserta transmigrasi
Dalam berbagai kasus, program ini gagal meningktkan taraf hidup migran. Tanah dan iklim di daerah tujuan umumnya tidak sesubur tanah vulkanis di Jawa dan Bali. Para pendatang biasanya merupakan orang-orang tanpa tanah yang tidak punya keterampilan bertani sehingga kesuksesan mereka terancam.
Dampak Transmigrasi terhadap Lingkungan
Transmigrasi juga dikritik karena mempercepat penebangan hutan hujan sensitif seiring meledaknya jumlah penduduk di daerah yang penduduknya sedikit. Para migran biasanya pindah ke "desa transmigrasi" baru yang dibangun di daerah-daerah yang belum tersentuh aktivitas manusia. Dengan menempati lahan tersebut, sumber daya alam menjadi habis dan tanahnya berlebihan digarap sehingga terjadi deforestasi.
Dampak Transmigrasi terhadap Sosial dan politik
Program ini mengakibatkan perseteruan antara suku yang mengenal satu sama lain lewat transmigrasi. Misalnya, pada tahun 1999, suku Dayak dan Melayu berseteru dengan transmigran Madura dalam kerusuhan Sambas. Pada tahun 2001, suku Dayak dan Madura terlibat konflik Sampit yang menewaskan ribuan orang dan memaksa ribuan orang Madura mengungsi. Transmigrasi juga sangat kontroversial di provinsi Papua dan Papua Barat yang kebanyakan penduduknya beragama Kristen. Sejumlah warga Papua menuduh pemerintah Indonesia melakukan Islamisasi melalui transmigrasi.